内容正文:
【实验】DNA片段的扩增及电泳鉴定
变性
90˚C
延伸
72˚C
复性
50˚C
目的要求:
1.了解PCR和电泳鉴定的基本原理。
2.尝试进行PCR的基本操作并用电泳
鉴定PCR的产物。
1
旧知识回顾:利用PCR获得和扩增目的基因
1.含义:PCR是 (全称)的缩写。
它是一项根据 的原理,
在 (操作环境)提供参与DNA复制的 与 ,
对 进行大量复制的技术(目的/优点)。
2.基本条件:①场所:在一定的 液中进行,其中一般要添加 。
②模板:DNA母链。
③原料: 。
④酶: 。
⑤引物:使DNA聚合酶能够从引物的 端开始连接脱氧核苷酸。
聚合酶链式反应
DNA半保留复制
体外
目的基因的核苷酸序列
各种组分
反应条件
缓冲
Mg2+
4种脱氧核苷酸
耐高温的DNA聚合酶
3’
旧知识回顾:利用PCR获得和扩增目的基因
3.过程:在 中自动完成。
① :当温度 时,双链DNA 为单链。
② :当温度下降到 时,
通过碱基互补配对与两条单链DNA结合。
③ :当温度上升到 时,溶液中的4种脱氧核苷酸
在 的作用下,
根据碱基互补配对原则合成新的DNA链。
超过90℃
解聚
50℃左右
两种引物
72℃左右
耐高温的DNA聚合酶
PCR扩增仪
变性
复性
延伸
旧知识回顾:利用PCR获得和扩增目的基因
4.结果:
上一轮循环的产物可以作为下一个循环的 ,
因而每一次循环后目的基因的量可以 ,
即成 形式扩增(约为 ,其中n为扩增循环的次数)。
5.鉴定:
常采用 来鉴定PCR的产物。
模板
指数
2n
琼脂糖凝胶电泳
增加一倍
实验:DNA片段的扩增及电泳鉴定
变性
90˚C
延伸
72˚C
复性
50˚C
实验原理
实验一:DNA片段的扩增
1.利用 可以在体外进行DNA片段的扩增。
2.PCR利用了DNA的 原理,
通过调节 来控制DNA双链的解聚与结合,
PCR仪实质上就是 。
3.一次PCR一般要经历 次循环。
热变性
温度
30
一台能够自动调控温度的仪器
PCR
实验:DNA片段的扩增及电泳鉴定
实验原理
实验二:DNA扩增产物的电泳鉴定
1.DNA分子具有可解离的基团,在一定的pH下,这些基团可以带上正电荷或负电荷,在电场的作用下,这些带电分子会向着与它所带电荷相反的电极移动,这个过程就是 。
2.PCR的产物一般通过 来鉴定。
在凝胶中DNA分子的迁移速率与 、 等有关。
3.凝胶中的DNA分子通过 ,可以在波长为300nm的 下被检测出来。
琼脂糖凝胶电泳
注:一般情况下,DNA分子带负电,可以向 极移动。
正
凝胶的浓度
DNA分子的大小和构象
注:①凝胶浓度越大,迁移速度越 ;②DNA分子越大,迁移速度越 。
慢
慢
紫外灯
染色
电泳
注:常用核酸染料为溴化乙锭(简称EB)。
实验:DNA片段的扩增及电泳鉴定
材料用具:试剂
①PCR反应体系的配方
材料 用量
10倍浓缩的扩增缓冲液(含 ) 5μL
20mmol/L的4种脱氧核苷酸的等量混合液(实为 ) 1μL
20μmol/L的引物Ⅰ 2.5μL
20μmol/L的引物Ⅱ 2.5μL
H2O 28~33μL
1-5U/μL的Taq DNA聚合酶
(即 的DNA聚合酶) 1~2U
模板DNA (用量为1pg-1μg) 5~10μL
Mg2+
dNTP
耐高温
实验:DNA片段的扩增及电泳鉴定
材料用具:试剂
②无菌水、琼脂糖;
③电泳缓冲液(TAE或TBE);
④凝胶载样缓冲液(内含指示剂溴酚蓝和蔗糖);
⑤核酸染料(常用核酸染料为溴化乙锭,简称EB);
→配制凝胶;
→增加导电性;维持电泳过程中合适的pH;
→溴酚蓝作为前沿指示剂可以预测电泳进程;蔗糖:可以增加样品密度;
→使核酸染色,便于观察;
实验:DNA片段的扩增及电泳鉴定
材料用具:用具
①PCR仪
②微量离心管
③微量移液器
④一次性吸液枪头
⑤电泳装置(包括电泳仪、电泳槽等)
→自动控温,实现DNA的扩增
→实际上是进行PCR反应的场所
→用于向微量离心管转移PCR配方中的液体
→微量移液器吸取一种试剂更换一次枪头
用 按照PCR反应体系配方或PCR试剂盒的说明书,
在 中依次加入各组分。
待所有组分都加入后,盖严离心管的盖子。
将微量离心管放入 里,离心约 ,使反应液集中在管的 。
参照下表的参数,设置好
PCR仪的循环程序。将装有反应液的微量离心管放入 中进行反应。
加液
离心
反应
实验:DNA片段的扩增及电泳鉴定
方法步骤
实验一:DNA片段的扩增
循环程序 变性 复性 延伸
预变性 94℃,5min / /
30次 94℃,30s 55℃,30s 72℃,1min
最后一次 94℃,1min 55℃,30s 72℃,10min
微量移液器
微量离心管
离心机
10s
底部
提高反应速率
PCR仪
实验:DNA片段的扩增及电泳鉴定
方法步骤
实验一:DNA片段的扩增
使DNA充分变性,以利于引物更好地和模板结合。
注:可根据目的片段长度适当调整延伸时间。
预变性的目的是什么?
思考
最后一次循环通常在72℃维持10分钟,目的是什么?
思考
使子链充分延伸。
实验:DNA片段的扩增及电泳鉴定
方法步骤
实验二:DNA扩增产物的电泳鉴定
4.根据待分离DNA片段的大小,用 配制琼脂糖溶液,一般配制质量分数为 的琼脂糖溶液。
在沸水浴或微波炉内加热至琼脂糖熔化。
稍冷却后,加入适量的 混匀。
5.将温热的琼脂糖溶液迅速倒入模具,并插入合适大小的
梳子,以形成 。
6.待凝胶溶液完全凝固,小心拔出梳子,
取出凝胶放入 内。
制备凝胶
融化
倒模
凝固
电泳缓冲液
0.8%~1.2%
核酸染料
加样孔
电泳槽
增加导电性;维持pH
溴化乙锭,简称EB
实验:DNA片段的扩增及电泳鉴定
方法步骤
实验二:DNA扩增产物的电泳鉴定
10.取出凝胶置于 下观察和照相。
7.将 加入电泳槽中,电泳缓冲液没过凝胶 为宜。
8.将扩增得到的PCR产物与 (内含指示剂)
混合,再用微量移液器将混合液缓慢注入凝胶的 内。
留一个加样孔加入 。
9.接通电源,根据电泳槽阳极至阴极之间的距离来设定电压,一般为 V/cm。待 迁移接近凝胶边缘时,停止电泳。
电泳缓冲液
1mm
凝胶载样缓冲液
加样孔
指示分子大小的标准参照物(Marker)
1~5
指示剂前沿
进行电泳
加液
加样
电泳
观察鉴定
紫外灯
实验:DNA片段的扩增及电泳鉴定
注意
1.为避免外源DNA等因素的污染,PCR实验中使用的微量离心管、枪头和蒸馏水等在使用前必须进行 处理。
2.该实验所需材料可以直接从公司购买,缓冲液和酶应分装成小份,
并在 储存。使用前,将所需试剂从冰箱拿出,放在冰块上 融化。
3.在向微量离心管中添加反应组分时,每吸取一种试剂后,移液器上的枪头都必须 。
4.在进行操作时,一定要戴好一次性手套。
高压灭菌
-20℃
缓慢
更换
实验:DNA片段的扩增及电泳鉴定
实验:DNA片段的扩增及电泳鉴定
实验:DNA片段的扩增及电泳鉴定
结果
如图所示:
进行电泳鉴定的结果为 条条带,该片段大小约为 bp(碱基对)。
一
750
分布
成功扩增出DNA片段的判断依据是:
紫外灯下直接观察到DNA条带的
① (代表扩增产物的类型);
② (代表扩增产物量的多少)。
粗细程度
DNA分子越大,
迁移速度越慢。
实验:DNA片段的扩增及电泳鉴定
结果
实验:DNA片段的扩增及电泳鉴定
1.如果扩增失败没有条带(即未出现扩增条带),分析其可能原因:
① 失活。
②Mg2+浓度过 。
③ 出现质量问题。
④变性时的温度 ,变性时间 。
结果分析
TaqDNA聚合酶
低
引物
低
短
注:DNA聚合酶需要Mg2+激活;
注:双链DNA没有解聚为单链,
导致模板DNA失效。
模板、引物、原料、酶(反应组分)失效
实验:DNA片段的扩增及电泳鉴定
2.如果不止一条条带(即出现非特异性扩增),分析其可能原因:
①模板DNA出现 。
② 特异性不强或形成 二聚体。
③Mg2+浓度过 。
④复性时的温度 等。
结果分析
污染
引物
引物
高
过低
模板、引物、原料、酶(反应组分)特异性差
注:Mg2+浓度过高(影响酶)和复性温度过低
会过度稳定非特异性结合的引物-模板复合物。
实验:DNA片段的扩增及电泳鉴定
用PCR可以扩增mRNA吗?
思考
mRNA不可以直接扩增,
需要将它逆转录成cDNA再进行扩增。
通过电泳条带能否确定扩增产物一定是所需的DNA片段?为什么
思考
不能确定;因为电泳条带仅能显示扩增片段的大致长度,
不能显示精准的DNA碱基数量,也不能呈现碱基序列。
实验:DNA片段的扩增及电泳鉴定·随堂小练P67
【例1】关于“DNA片段的扩增及电泳鉴定”实验,下列相关叙述正确的是( )
A.PCR仪实质上就是一台能自动调控温度的仪器,但在使用时需根据扩增的DNA
片段以及引物的情况人工设定合适的温度
B.PCR反应体系中需加入耐高温的DNA聚合酶,该酶主要在复性过程中起作用
C.为避免外源DNA等因素的污染,PCR实验中使用的微量离心管、枪头、蒸馏水
和移液器等在使用前都必须进行高压灭菌处理
D.电泳时,电泳缓冲液不能没过凝胶,以免凝胶加样孔中的电泳样液流出
A
延伸,×;
移液器不需要高压灭菌,×;
电泳时,电泳缓冲液以没过凝胶1mm为宜,×;
实验:DNA片段的扩增及电泳鉴定·随堂小练P67
【例2】用PCR方法检测转基因植株是否成功导入目的基因时,得到以下电泳图谱,其中1号为DNA标准样液(Marker),10号为无菌蒸馏水,PCR时加入的模板DNA如图所示。
实验:DNA片段的扩增及电泳鉴定·随堂小练P67
据此作出的分析,不合理的是( )
A.PCR产物的分子大小在250~500 bp之间
B.3号样品为不含目的基因的载体DNA
C.9号样品对应植株不是所需的转基因植株
D.10号确定反应体系等对结果没有干扰
B
同4~9号,含有,×;
Lavf58.29.100
Bilibili VXCode Swarm Transcoder v0.6.10
$$