内容正文:
第2节 基因工程的基本操作程序
第3章 基因工程
1
教学目标
TEACHING OBJECTIVES
学习目标:
1.阐明基因工程的原理和基本操作程序。
2.尝试进行PCR的基本操作并用电泳鉴定PCR的产物。
重难点:
1.基因工程基本操作程序的四个步骤。
2.DNA片段的扩增及电泳鉴定。
目的基因的筛选与获取
1
目录
CONTENT
2
基因表达载体的构建
3
将目的基因导入受体细胞
4
目的基因的检测与鉴定
5
DNA片段的扩增及电泳鉴定
由此可知在扩增目的基因时,
设计引物必须依据___________________.
PCR进行的前提条件是:_______________________.
思考:PCR 扩增的是完整的模板 DNA 分子吗?
一般不是;PCR扩增的是两种引物之间特定DNA片段。
目的基因的核苷酸序列
已知目的基因的DNA序列
3’
5’
3’
5’
引物1
5’
3’
引物2
5’
3’
1.延伸时需要加入2种引物,原因是:
DNA是 的双链,DNA聚合酶只能从引物 端延伸DNA链,用两种引物才能确保DNA两条链同时被扩增。
3′
2.引物的设计原则:
(1)引物及引物之间不应存在互补序列;
同种引物也不能发生碱基互补配对。
(2)引物长度不宜过短,防止引物随机结合。
防止引物之间配对
防止引物自身配对折叠
(3)引物设计需考虑的因素:
扩增的特异性:只扩增出目标DNA的特性
扩增的高效性:单位时间内扩增产物的量
特异性太强,扩增效率下降;
提高扩增效率,扩增特异性下降
反向平行
引物的5' 端决定PCR产物的长度,对扩增特异性影响不大,因此可以被修饰。
修饰包括:加酶切位点、标记荧光,引入蛋白质结合DNA序列,插入突变、缺失突变序列;引入启动子序列等。
引物的延伸是从3'端开始的,不能进行任何修饰。
(4)引物5'端可以修饰,3'端不可修饰;
①引物长度:PCR的引物一般在20-30核苷酸之间。过长会导致其延伸温度
大于74℃,不适于Taq 酶进行反应。过短特异性差。
②引物G-C含量:一般在40%~60%之间,G-C含量过高或过低都不利于
引发反应。
③复性温度:复性温度高,扩增特异性强,复性温度低,扩增效率高。
如果引物碱基数较少,可适当提高复性温度,使PCR的特异性增加;
如果碱基数较多,可适当减低复性温度,使DNA双链结合。
一对引物的复性温度相差4℃~6℃不会影响PCR的产率,但理想情况
下一对引物的复性温度是一样的。
思考:利用PCR技术扩增目的基因,在第几次循环产物中开始出现
2条脱氧核苷酸链等长的DNA片段(即出现完整的目的基因)?
5’
3’
5’
5’
第一次循环
第二次循环
3’
5’
第三次循环
3’
3’
第3次循环的产物出现等长的目的基因片段(含引物)
细胞内DNA复制 PCR技术
区别 解旋
方式 解旋酶催化
边解旋边复制
场所 主要在细胞核内
酶 解旋酶、DNA聚合酶等
温度 细胞内温和条件
结果 合成整个DNA分子
联系 ①模板:均需要脱氧核苷酸双链作为模板
②原料:均为四种脱氧核苷酸
③酶:均需DNA聚合酶
④引物:都需要引物,使DNA聚合酶从引物的3′端合成子链
DNA在高温下变性解旋
全部解旋后再复制
细胞外(主要在PCR扩增仪内)
耐高温的DNA聚合酶
控制温度,需在不同温度下进行
形成大量特定的DNA片段或基因
8
习题巩固
1.在已知序列信息的情况下,获取目的基因的最方便方法是( )
A.化学合成法 B.基因组文库法
C.cDNA文库法 D.聚合酶式链反应
D
2.下列获取目的基因的方法中需要模板链的是( )
①从基因文库中获取目的基因 ②利用PCR技术扩增目的基因
③逆转录法 ④通过DNA合成仪利用化学方法人工合成
A.①②③④ B.①②③ C.②③④ D.②③
D
9
3
PCR的相关计算
引物1
引物2
扩增1次:
扩增次数 1次 2次
DNA总数
长链-中长链DNA
中长链-短链DNA
短链-短链DNA
含引物1(或2)的DNA
含引物1和2的DNA
共需要的引物个数
第n次循环需要的引物
扩增2次:
2
0
0
1
21
0
2
2
2
2
0
3
22
2
6
4
10
扩增次数 1次 2次 3次 n次
DNA总数
长链-中长链DNA
中长链-短链DNA
短链-短链DNA
含引物1(或2)的DNA
含引物1和2的DNA
n次循环共需
引物个数
第n次循环所需
引物个数
2
0
0
1
21
0
2
2
2
2
0
3
22
2
6
4
扩增3次:
2
4
2
7
23
6
14
8
2
2(n-1)
2n-2n
2n-1
2n
2n+1 - 2
2n
2n-2
习题巩固
图中引物中为单链DNA片段,它是子链合成延伸的基础。从理论上推测,第四轮循环产物中含有引物A的DNA片段所占比例为________。
15/16
利用PCR技术扩增目的基本因,其原理与细胞内DNA复制类似。
12
①DNA聚合酶无法识别RNA;②高温变性步骤会破坏RNA的结构,导致其降解。
P79旁栏思考:用PCR可以扩增mRNA吗?
不能!
单链RNA
逆转录酶
RNA-DNA
杂交双链
核酸酶H
单链DNA
引物、
DNA聚合酶
双链DNA
PCR扩增
需要将RNA反转录为cDNA,然后再进行扩增。
问题:若要扩增mRNA上的遗传信息,该如何操作?
4.PCR产物鉴定:
常采用琼脂糖凝胶电泳技术来鉴定PCR扩增产物。
3
【探究·实践】DNA片段的扩增及电泳鉴定
1.PCR在体外进行DNA片段扩增的原理:
①利用DNA的热变性原理,通过调节温度来控制DNA双链的解聚与结合;
PCR仪实质上就是一台自动调控温度的仪器,1次PCR一般要经历30次循环。
②PCR扩增DNA片段还利用了DNA半保留复制的原理。
PCR仪、微量离心管(PCR反应的场所)、
微量移液器(向微量离心管转移PCR配方中的液体)
一次性吸液枪头
微量离心管
(1)器具:
PCR仪
加不同样品时,需要更换枪头。
(2)PCR进行体外DNA片段的扩增步骤:
①取样移液:用微量移液器按照PCR反应体系配方,在微量离心管中依次加入各组分。
②离心:待所有组分都加入后,盖严离心管盖子,将微量离心管放入离心机里,离心约10s,使反应液集中在离心管的底部(提高反应速率)。
10倍浓缩的扩增缓冲液(含Mg2+) 5μL
20mmol/L的4种脱氧核苷酸的等量混合液(实为dNTP) 1μL
20μmol/L的引物Ⅰ 2.5μL
20μmol/L的引物Ⅱ 2.5μL
H2O 28~33μL
1-5U/μL的Taq DNA聚合酶
(即耐高温的DNA聚合酶) 1~2U
模板DNA (1pg~1μg) 5~10μL
③反应:设置好PCR仪的参数和循环程序,将装有反应液的微量离心管放入PCR仪中进行反应。
循环程序 变性 复性 延伸
预变性 94℃,5min — —
30次 94℃,30s 55℃,30s 72℃,1min
最后1次 94℃,1min 55℃,30s 72℃,1min
循环程序 变性 复性 延伸
预变性 94℃,5min — —
30次 94℃,30s 55℃,30s 72℃,1min
最后1次 94℃,1min 55℃,30s 72℃,1min
使DNA充分变性,双链打开,以利于引物更好地和模板结合。
注1:预变性的目的是什么?
注2:为什么最后1次变性时间延长?
Taq DNA聚合酶活性会随着循环次数增加而下降。在每一轮循环中,部分片段可能没有完全延伸完,Taq DNA聚合酶就脱落了。
因此最后1次变性时间延长,让这些DNA打开,重新延伸。
2.利用琼脂糖凝胶电泳鉴定PCR产物的原理
①电泳:DNA分子具有 ,在一定的pH下,这些基团可以带上_______或 。在电场作用下,这些带电分子会向着与它所带电荷 的电极移动,这个过程就是电泳。
②DNA分子的迁移速率:与凝胶浓度、DNA分子的大小和构象等有关
电泳装置(包括电泳仪、电泳槽等)
可解离的基团
正电荷
负电荷
相反
琼脂糖凝胶浓度越大,分离的DNA分子越小,迁移速率越快.
③检测原理:凝胶中的DNA分子通过_____,可在波长300nm的紫外灯下被检测出来。
试剂:
无菌水、琼脂糖;电泳缓冲液(TAE或TBE)
凝胶载样缓冲液(内含指示剂—溴酚蓝)
核酸染料(常用EB即溴化乙锭)
染色
注1:电泳缓冲液类似色素提取的层析液,点样孔通常位于电极的负极端,
pH一般为8,DNA分子在缓冲液中带负电荷,在电场中向正极端移动,从而分离出大小不同的DNA片段。
注2:电泳中要使用DNA Marker(标准参照物)来估计DNA片段大小。
梳子
模具
(2)琼脂糖凝胶电泳的过程
②制备凝胶:将温热的琼脂糖溶液迅速倒入模具,并插入合适大小的梳子,
以形成加样孔(孔侧连电极负极)。 凝胶溶液完全凝固,小心拔出梳子,取出凝胶放入电泳槽内。将电泳缓冲液加入电泳槽中,电泳缓冲液没过凝胶1mm为宜。
① 配制琼脂糖溶液:根据待分离DNA片段的大小,用电泳缓冲液配制琼脂糖溶液,一般配制质量体积比0.8%-1.2%的琼脂糖溶液。在沸水浴或微波炉内加热至琼脂糖熔化。稍冷却后,加入适量的核酸染料混匀。
维持pH值,使DNA带负电荷
梳子孔为加样孔
③ 加样:将扩增得到的PCR产物与凝胶载样缓冲液(内含指示剂)混合,再用微量移液器将混合液缓慢注入凝胶的加样孔内。留一个加样孔加入指示分子大小的标准参照物(Marker)。
指示剂:指示样品迁移的速率、方向,和电泳的进程;使样品呈现颜色,便于加样。
④ 电泳:接通电源,根据电泳槽阳极至阴极之间的距离设定电压,一般为1~5V/cm。待指示剂前沿迁移接近凝胶边缘时,停止电泳。取出凝胶置于紫外灯下观察和照相。
1.为避免外源DNA等因素的污染,PCR实验中使用的微量离心管、枪头和蒸馏水等在使用前必须进行高压灭菌处理。
2.该实验所需材料可以直接从公司购买,缓冲液和酶应分装成小份,并在-20℃储存。使用前,将所需试剂从冰箱拿出,放在冰块上缓慢融化。
3.在向微量离心管中添加反应组分时,每吸取一种试剂后,移液器上的枪头都必须更换。
4.在进行操作时,一定要戴好一次性手套。
5.PCR扩增不能随意加大试剂用量。
【注意事项】教材P85
1.你是否成功扩增出DNA片段?判断依据是什么?
可在紫外灯下直接观察到DNA条带的分布及粗细程度来评价扩增的结果。
电泳鉴定的结果应该是一条条带,该片段大小约为750bp。
实验结果分析:
2.你进行电泳鉴定的结果是几条条带?如果不止一条条带,分析可能原因。
①如果扩增不成功,可能原因有:
②如果不止一条条带,可能原因有:
漏加了PCR的反应成分,各反应成分的用量不当,PCR程序设置不当等。
引物设计不合理,与非目的序列有同源性或容易形成二聚体;
复性温度过低;DNA聚合酶的质量不好;模板DNA出现污染;Mg2+浓度过高等。
.用PCR方法检测转基因植株是否成功导入目的基因时,得到以下电泳图谱,
中1号为DNA标准样液(Marker),10号为蒸馏水。PCR时加入的模板DNA如图所示。据此做出分析不合理的是( )
A.PCR产物的分子大小
在250至500 bp之间
B.3号样品为不含目的基因
的载体DNA
C.9号样品对应植株不是所需的转基因植株
D.10号的电泳结果能确定反应体系等对实验结果没有干扰
B
拓展——PCR的应用
1.扩增目的基因:
用模板DNA和目的基因相关引物扩增
→产生大量目的基因
2.检测目的基因:
用待测DNA和相关引物扩增
有扩增产物→ 目的基因
无扩增产物→ 目的基因
3.产生突变基因:
可在引物中或引物的5`端引入突变序列
→产生大量突变基因
含有
不含
1.DNA足迹法常用来检测蛋白质在DNA上的结合位点,其原理如图所示。先将待测DNA一条链的一端用放射性同位素标记,加入 DNA 结合蛋白后,再用核酸内切酶DNase I 随机切割待测 DNA,被蛋白质结合的区域可免于切割。最后将酶切后的DNA 片段变性后电泳,放射性同位素标记的DNA经处理后会显示出条带。下列说法错误的是( )
A.核酸内切酶DNase I 和限制酶均可破坏磷酸二酯键
B.若通过PCR 标记 DNA 末端,仅需一种引物含有放射性同位素
C.电泳结果中显示的是经 DNase I切割后的所有 DNA片段
D.蛋白质的结合位点仅位于乙区域对应的DNA片段
C
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