按照康熙的计策，清军将葛尔丹又至昭莫多，就是今天蒙古国乌兰巴托附近，这是反映清军的后勤保障的北征多运图。葛尔丹据守山头，康熙要求清军将领费扬古率军下马布战，集中火力猛攻山头。最后葛尔丹大败，清军在月色下追杀三十余里，他的妻子阿奴备战葛尔丹，自己带领二十多骑兵逃入大漠。这次战役历时98天，历史上称为昭莫多之战。经过这一战，葛尔丹军的有生力量被消灭殆尽。公元1697年2月，康熙帝第三次率军亲征，决心彻底消灭葛尔丹割据势力。在早春凛冽的寒风中，康熙率领大军一路到达了今天蒙古国境内的克鲁伦河北岸的托诺山。康熙36年闰3月13日，戈尔丹亡神于草原深处的阿查阿木塔台。清廷平定葛尔丹，在统一西北和北部边疆进程中迈出了重要的一步。