内容正文:
韩国华城连环杀人案
南医大碎尸案
探究·实践
DNA片段的扩增及电泳鉴定
探究·实践
DNA片段的扩增及电泳鉴定
1.实验原理
(1)DNA片段的扩增
①利用PCR可以在体外进行DNA片段的扩增。
②PCR利用了DNA的热变性原理,通过调节温度来控制DNA双链的解聚与结合。
③PCR仪实质上就是一台能够自动调控温度的仪器。一次PCR一般要经历30次循环。
(2)DNA片段的电泳鉴定
①DNA分子具有可解离的基团,在一定的pH下,这些基团可以带上正电荷或负电荷。在电场的作用下,这些带电分子会向着与它所带电荷相反的电极移动,这个过程就是电泳。
②PCR的产物一般通过琼脂糖凝胶电泳来鉴定。
在凝胶中DNA分子的迁移速率与凝胶的浓度、DNA分子的大小和构象等有关。凝胶中的DNA分子通过染色(EB染色),可以在波长为300nm的紫外灯下被检测出来。
PCR 的产物一般通过琼脂糖凝胶电泳来鉴定
凝胶电泳原理示意图
若电泳缓冲液使DNA带负电荷,加样孔侧应连电极的哪一极?负极
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DNA片段的扩增及电泳鉴定
2.材料用具
(1)仪器
(2)用具
PCR 仪、微量离心管、微量移液器、一次性吸液枪头、电泳装置(包括电泳仪、电泳槽等)
4种脱氧核苷酸的等量混合液、2种引物、TaqDNA 聚合酶、模板 DNA 、扩增缓冲液、无菌水、电泳缓冲液、凝胶载样缓冲液、琼脂糖和核酸染料等。
PCR仪
用于向微量离心管中转移PCR配方中的液体,每吸取一种试剂后,其上的枪头都必须更换
一次性吸液枪头
电泳装置
微量离心管
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DNA片段的扩增及电泳鉴定
3.方法步骤
(1) PCR加样操作
用微量移液器按右栏中配方或PCR试剂盒说明书,在
微量离心管中一次加入各组分。
PCR反应体系的配方
10倍浓缩的扩增缓冲液 5 μL
20 mmol/L的4种脱氧核苷酸的等量混合液 1 μL
20 μmol/L的引物Ⅰ 2.5 μL
20 μmol/L的引物Ⅱ 2.5 μL
H2O 28~33 μL
1~5 U/μL的Taq DNA聚合酶 1~2 U
模板DNA 5~10 μL
总体积 50 μL
注:模板DNA的用量为1pg~1μg
(注意:酶和缓冲液要在冰块上缓慢融化,用后置于-20℃冰箱中保存。一般分装成小份,避免反复融化导致活性降低甚至失活)
为保证加入反应体系中的各试剂体积的准确性,建议按照加入体积的大小,由大到小依次加入各试剂,即先加入无菌水。为保护酶的活性,一般最后加入DNA聚合酶。
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(2)离心
(3)PCR
循环程序 变性 复性 延伸
预变性 94℃,5min
30次 94℃,30s 55℃,30s 72℃,1min
最后1次 94℃,1min 55℃,30s 72℃,10min
3.方法步骤
盖严离心管的盖子。放入离心机,离心10s,使反应液集中在离心管底部。
参照下表参数,设置好PCR仪的循环程序。将装有反应液的微量离心管放入PCR仪中进行反应。
使DNA充分变性,利于引物更好地与模板结合
使子链充分延伸
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3.方法步骤
根据DNA片段大小,用电泳缓冲液配制适合浓度的琼脂糖溶液(一般质量分数为0.8%~1.2%)。琼脂糖用沸水浴或微波炉熔化,稍冷却加入适量核酸染料混匀。
将琼脂糖溶液倒入模具,并插入大小合适的梳子(以形成加样孔)。
待凝胶凝固后,将梳子拔出。
(4)制备凝胶
梳子孔为加样孔,加样孔侧连电极负极
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3.方法步骤
(5)电泳加样
将凝胶放入电泳槽,加电泳缓冲液没过凝胶约1mm。将PCR扩增产物与凝胶载样缓冲液(内含有指示剂)混合,用微量移液器缓慢注入加样孔。留一个加样孔加入指示分子大小的标准参照物(Marker)。
(6)电泳
(7)观察、照相
接通电源,设定电压(一般1~5V/cm),待指示剂前沿迁移至接近凝胶边缘时,停止电泳。
电泳结束后,取出凝胶置于紫外灯下观察、照相。
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DNA片段的扩增--PCR技术
用微量移液器按照PCR反应体系配方或PCR试剂盒的说明书,在微量离心管中依次加入各组分。
待所有组分都加入后,盖严离心管的盖子。将微量离心管放入离心机里,离心约10s,使反应液集中在离心管的底部
循环程序 变性 复性 延伸
预变性 940C,5min
30 次 940C, 30s 550C, 30s 720C,1min
最后一次 940C,1min 550C, 30s 720C,10min
移液
离心
扩增
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DNA片段的电泳鉴定--电泳
根据待分离DNA片段的大小,用 配制琼脂糖溶液,一般配制质量体积比0.8%-1.2%的琼脂糖溶液。在沸水浴或微波炉内加热至琼脂糖熔化。稍冷却后,加入适量的 混匀。
将温热的琼脂糖溶液迅速倒入模具,并插入合适大小的梳子,以形成 。
将扩增得到的PCR产物与 混合,再用微量移液器将混合液缓慢注入凝胶的 内。留一个加样孔加入指示分子大小的 。
配制
琼脂糖溶液
制备
琼脂糖凝胶
加样
电泳观察
接通电源,根据电泳槽 来设定电压,一般为1~5V/cm。待 前沿迁移接近凝胶边缘时,停止电泳。取出凝胶置于 观察和照相。
核酸染料
加样孔
电泳槽
电泳缓冲液
凝胶载样缓冲液(内含指示剂)
加样孔
标准参照物(Marker)
阳极至阴极之间的距离
紫外灯下
指示剂
填充电泳槽
待凝胶溶液完全凝固,小心拔出梳子,取出凝胶放入 内。将 加入电泳槽中,电泳缓冲液没过凝胶1mm为宜。
电泳缓冲液
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注意事项
1.为避免外源DNA等因素的污染,PCR实验中使用的微量离心管、枪头和蒸馏水等在使用前必须进行高压灭菌处理。
2.该实验所需材料可以直接从公司购买,缓冲液和酶应分装成小份,并在-20℃储存。使用前,将所需试剂从冰箱拿出,放在冰块上缓慢融化。
3.在向微量离心管中添加反应组分时,每吸取一种试剂后,移液器上的枪头都必须更换。
4.在进行操作时,一定要戴好一次性手套。
5. PCR扩增不能随意加大试剂用量。复性时不一定均为引物与DNA模板结合,也存在DNA解开的两条单链的结合,因此一般在PCR实验中引物的投入量远大于产物量(但不能随意加大浓度);
加样孔→
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4.结果分析与评价
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可在紫外灯下直接观察到DNA条带分布及粗细程度评价扩增结果。
1.你是否成功扩增出DNA片段?判断的依据是什么?
进行电泳鉴定的结果应该是一条条带,该片段大小约为750bp。
(条带的分布代表扩增产物的类型;条带的粗细代表扩增产物量的多少)。
(1)未出现扩增条带的主要原因
3.通过电泳条带能否确定扩增产物一定是所需的 DNA 片段?为什么
不能;电泳条带仅能显示扩增片段大致长度,不能显示精准 DNA 碱基数量,也不能呈现碱基序列。
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2.你进行电泳鉴定结果是几条条带?如果不止一条条带,可能原因?
(2)出现非特异性扩增条带的主要原因
①模板DNA出现污染 ②引物设计不合理、特异性不强,与非目的序列有同源性或形成引物二聚体 ③Mg2+浓度过高 ④复性时温度过低 ⑤DNA聚合酶质量不好 ⑥Mg2+浓度过高等
①Taq DNA 聚合酶失活 ②引物出现质量问题 ③Mg2+浓度过低 ④变性时温度低,变性时间短。⑤漏加了PCR反应成分,各反应成分用量不当 ⑥PCR程序设置不当等
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