内容正文:
【微专题】PCR引物选择问题
5’CATGTCCA--------------------------------------------------CCACAACC3’
3’GTACAGGT--------------------------------------------------GGTGTTGG5’
引物2
引物1
5’ CATGTCCA3’
3’GGTGTTGG5’
引物与待测扩增序列的对应关系:
目的基因
核心要点:
1、引物需位于目的基因的两侧、且能顺利扩增出目的基因
2、引物只能与母链的3’端结合,引导子链从5’端向3’端延伸
3、为了便于扩增的DNA片段与表达载体的连接,可以在片段的5’端添加限制酶的识别序列。通常,两种引物上设计不同的酶切位点,以确保目的基因与载体的正向连接。
【典例1】1、对人干扰素基因进行PCR扩增时需要一对引物,应从下图中A、B、C、D四种单链DNA片段中选取__________(填字母)作为引物。
B、C
1、引物需位于目的基因的两侧、且能顺利扩增出目的基因
2、引物只能与母链的3’端结合,引导子链从5’端向3’端延伸
2、目的基因在PCR扩增的过程需要引物的原因是_________________________________
__________________________________________。PCR需要两种引物,但是引物序列不同是由于__________________________________________________________;目的基因的两端往往要添加限制酶的识别序列,这两个序列应分别添加在两个引物的_____端。
耐高温的DNA聚合酶不能从头开始
合成目的基因,而只能从引物的3端延伸DNA链
目的基因两端的核苷酸序列不同且防止引物间碱基配对
5’
【典例2】(2020·北京·高考真题)为了对重金属污染的土壤进行生物修复,研究者将从杨树中克隆的重金属转运蛋白(HMA3)基因与外源高效启动子连接,导入杨树基因组中(如图)。
为检测获得的转基因杨树苗中是否含有导入的HMA3基因,同时避免内源HMA3基因的干扰,在进行PCR扩增时,应选择的引物组合是( )
A.①+③ B.①+② C.③+② D.③+④
B
【分析】根据图示中引物的位置可知,引物①扩增的片段含有启动子和HMA3基因,引物③扩增的片段不含启动子,引物②、④扩增的片段既含有启动子,又含有HMA3基因序列。是否含有导入的HMA3基因,同时避免内源HMA3基因的干扰,在进行PCR扩增时应选择的引物组合是①+②
【典例3】(2023·山东,25节选)科研人员构建了可表达J-V5融合蛋白的重组质粒并进行了检测,该质粒的部分结构如图甲所示,其中V5编码序列表达标签短肽V5。
构建重组质粒后,为了确定J基因连接到质粒中且插入方向正确,需进行PCR检测,若仅用一对引物,应选择图甲中的引物____________________。
F2和R1或F1与R2
【分析】据图甲可知,引物F2与R1或F1与R2结合部位包含J基因的碱基序列,因此推测为了确定J基因连接到质粒中且插入方向正确,进行PCR检测时,若仅用一对引物,应选择图甲中的引物F2和R1或F1与R2。
反向PCR技术扩增
【典例4】常规PCR只能扩增两引物间的DNA区段,要扩增已知DNA序列两侧的未知DNA序列,可用反向PCR技术。反向PCR技术扩增的原理如下图所示。下列叙述正确的是( )
A.切割M和N时选用的限制酶可以相同,也可以不同
B.环化之后产生的DNA分子没有游离的磷酸基团
C.图中引物,应选择引物1和引物4,且二者间不能互补配对D.PCR扩增,每轮循环前应加入限制酶将环状DNA切割成线状
【详解】A、切割M和N时选用的限制酶要保证产生相同的黏性末端,可以选相同的酶,也可以是不同酶,A正确;
B、环状DNA分子没有游离的磷酸基团,B正确;
C、PCR过程需要两种引物,能分别与目的基因两条链的3'端通过碱基互补配对结合,为保证延伸的是已知序列两侧的未知序列,应该选择引物1和引物4,且二者间不能互补配对,C正确;
D、PCR的扩增只需要第一次循环前加入足够的限制酶,并不需要每轮都加入,D错误。
故选ABC。
重叠延伸PCR
由于引物B和C互补,因此,分别利用引物A和B,引物C和D对目的基因进行PCR,得到的两种DNA产物解旋后,可以互为引物杂交在一起,在DNA聚合酶的作用下延伸,就能成为一条完整的DNA片段。最后,用引物A和D进行扩增得到含有突变位点的DNA片段。
PCR体系1和PCR体系2必须分开进行的原因是_______________________________________________________________________________________。
引物B和引物C存在碱基互补配对片段,置于同一反应体系会发生碱基互补配对导致引物失效
德国科学家日前发现,一些不寻常的微小抗体,即纳米抗体,能以意想不到的精度改变荧光蛋白(EGFP)的特性。纳米抗体与EGFP结合后可改变EGFP的构造,使荧光效果增强4~5倍。为了将某纳米抗体和绿色荧光蛋白基因融合表达,运用如图所示的重组酶技术构建质粒。阅读材料完成下列小题:
纳米抗体基因序列如下图所示。引物F2-F应在下列选项中选用( )
A.ATGGTG——CAACCA B.TGGTTG——CACCAT
C.GACGAG——CTGCAG D.CTGCAG——CTCGTC
【解析】据图1可知,引物F2-F用于扩增F2片段,引物F1-R用于扩增F1片段,且引物F2-F含有EGFP基因右侧部分碱基序列,引物F1-R含有AnB1基因左侧部分序列。结合图2中两基因序列可知,碱基序列ATGGTG------CAACCA、TGGTTG------CACCAT的互补序列在EGFP基因左侧、AnB1基因右侧部分,不能达到扩增的目的;CD、据图1可知,引物F2-F用于扩增F2片段,引物F1-R用于扩增F1片段,且引物F2-F含有EGFP基因右侧部分碱基序列,引物F1-R含有AnB1左侧部分序列。结合图2中两基因序列可知,碱基序列GACGAG------CTGCAG 、CTGCAG------CTCGTC的互补序列在EGFP基因右侧部分、AnB1基因左侧部分,能达到扩增的目的,故引物F2-F选用C,引物F1-R选用D。ABD错误,C正确。
C
二、数量计算
已知引物1及引物2之间的序列为目的序列,若引物与DNA的结合位点如图所示,在第________轮循环产物中开始出现两条单链等长的目的片段。若进行3次循环,共需加入引物______个,其中引物1_____个。
2
14
7
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