内容正文:
cDNA文库的构建
先看一道试题:
利用人胰岛B细胞构建cDNA文库,然后通过核酸分子杂交技术从中筛选目的基因,筛选过程如图所示。下列说法错误的是( )
A. cDNA 文库的构建需要用到逆转录酶
B. 图中的菌落是通过稀释涂布法获得的
C. 核酸分子杂交的原理是碱基互补配对
D. 从该文库中可筛选到胰高血糖素基因
解析:cDNA 是以 mRNA 为模板,经逆转录酶催化形成的,故 cDNA 文库的构建需要用到逆转录酶, A 正确;由图中菌落分布特点可知,图中的菌落是通过稀释涂布法获得的, B 正确;核酸分子杂交的原理是碱基互补配对, C 正确;胰岛 B 细胞内的胰高血糖素基因不表达,所以从胰岛 B 细胞内提取不到胰高血糖素基因的 mRNA ,无法逆转录形成胰高血糖素基因的 cDNA ,故不能从利用人胰岛 B 细胞构建的 cDNA 文库中筛选到胰高血糖素基因, D 错误。故答案为 D 。
试题中涉及了cDNA文库的构建。
那么,cDNA文库是如何构建的?
一些学生认为,cDNA文库的构建需要逆转录酶和DNA聚合酶,原因可能是形成DNA双链时需要DNA聚合酶,这种观点是错误的,
因为只需要逆转录酶就可以,主要是因为逆转录酶的功能是多方面的。
1.逆转录酶的发现和意义
1970年美国科学家Howard Temin和David Baltimore分别在动物致癌RNA病毒中发现了逆转录酶,并因此获得了1975年诺贝尔生理学或医学奖。该发现揭示了生物体的遗传信息不仅可以从DNA到DNA(DNA自我复制)、从RNA到RNA(RNA自我复制)、从DNA到RNA(转录),还可以从RNA到DNA(逆转录),进而补全了中心法则。
逆转录酶的发现对于遗传工程技术起了很大的推动作用,它已成为一种重要的工具酶。用组织细胞提取mRNA并以它为模板,在逆转录酶的作用下,合成出互补的DNA(cDNA),由此可构建出cDNA文库,从中筛选特异的目的基因,这是在基因工程技术中最常用的获得目的基因的方法。
2.逆转录酶的酶学特性
逆转录酶是一种RNA依赖的DNA聚合酶,其本质是病毒编码的蛋白质,能够催化以RNA为模板合成互补的DNA。即逆转录酶属于DNA聚合酶的一类,可以聚合dNTP合成cDNA链,这一过程的发生,依赖于逆转录酶的两大活性:DNA聚合酶活性和核糖核酸酶(RNase H)活性。
DNA聚合酶活性:有两种情况,一种是RNA指导的DNA聚合酶活性:以RNA为引物,在引物RNA的3′末端以5′→3′方向合成DNA。值得注意的是该酶不具有3′→5′外切酶活性,因此没有校正功能,会导致DNA出错率比较高。另一种是RNA指导的DNA聚合酶活性:以反转录合成的第一条DNA单链为模板,以dNTP为底物,再合成第二条DNA分子。
RNase H活性:DNA链容易与RNA链形成DNA-RNA杂交链,RNase H是一种核糖核酸内切酶,RNase H可以水解杂交链上的RNA。该酶不能消化单链或双链DNA。
3.逆转录过程(cDNA文库构建过程中)
逆转录酶是由不同生化活性的不同结构酶组成。尽管不同生物体来源的逆转录酶功能存在或多或少的差异,包括如DNA依赖性DNA聚合酶活性,但逆转录酶的主要功能仍取决于RNA依赖性DNA聚合酶和RNase H酶活性。逆转录过程通常涉及许多步骤:
在存在退火引物的条件下,逆转录酶结合到RNA模板并引发反应;RNA依赖性DNA聚合酶活性通过掺入dNTPs合成互补DNA链;RNase H活性降解DNA-RNA复合物中的RNA模板;DNA依赖性DNA聚合酶活性识别单链cDNA作为模板,使用RNA片段作为引物,合成第二链cDNA,最终形成双链cDNA。
4.逆转录酶的种类
目前,市面上常用的两种逆转录酶:AMV和M-MLV。它们拥有着不同的特征,如表所示。
虽然野生型M-MLV逆转录酶的热稳定性差,抵抗复杂结构的RNA能力弱,但通过对其进行改造可弥补这些不足。渐渐地,改造后的M-MLV逆转录酶成为了市场的主流产品。
5.cDNA文库构建的主要过程
cDNA文库的构建是一个复杂的过程,主要包括以下步骤:
(1)mRNA的提取和纯化。从组织或细胞中提取总RNA,并纯化得到高质量的mRNA;
(2)cDNA第一链的合成。使用多聚胸腺嘧啶(dT)作为引物,以mRNA为模板,通过逆转录酶合成cDNA第一链;
(3)cDNA第二链的合成。以第一链cDNA为模板,利用DNA聚合酶合成cDNA第二链;
(4)双链cDNA的修饰和连接。对双链cDNA进行修饰,加入接头序列,然后与经过内切酶切割的载体连接,形成重组载体;
(5)重组载体的转化。将重组载体转化进入受体细胞;
(6)文库的鉴定和评价。对构建的cDNA文库进行鉴定和评价,确保其代表性和序列完整性;