内容正文:
课题应用 PCR中引物的设计与应用
“跨界”融会知能
一、常规PCR的原理流程及反应体系
原理
在体外模拟细胞内DNA复制的相关条件,最终完成特定基因的体外复制
流程
由变性、复性、延伸三个基本步骤完成
反应体系
①模板:DNA;原料:dNTP;引物:P1、P2;
②耐高温的DNA聚合酶:Taq DNA聚合酶;
③反应缓冲液;
④辅助因子:Mg2+
二、PCR中的引物
1.引物及其作用
引物
是一小段能与DNA母链的一段碱基序列互补配对的短单链核酸。用于PCR的引物长度通常为20~30个核苷酸
作用
在DNA复制开始时,能够使DNA聚合酶从引物的3′端开始连接脱氧核苷酸
2.设计引物的意义及一般原则
意义
①DNA分子体外扩增时必须设计两种引物。
②设计引物的首要目标是其特异性,只有当每条引物都能特异性地与模板DNA中的靶序列复性形成稳定结构时才能达到这个目标(如下图)
一般原则
①引物长度一般以20~30个核苷酸为宜,过短降低特异性,过长会引起复性时结合的模板数减少,降低反应效率。
②要避免两个引物间碱基序列互补以及同一引物自身碱基序列互补。
③引物5′末端碱基可添加与模板无关的序列(如限制酶的识别序列、启动子序列等),便于克隆和表达。
④引物的碱基顺序不能与非扩增区有同源性。引物与核酸序列数据库的其他序列均应无明显同源性,以免造成不必要的非特异性扩增
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3.引物的特殊应用
添加酶位点
在PCR引物的5′端加上根据需要而设计的限制酶酶切位点,PCR产物内部无该切点
反向PCR
是用反向的互补引物来扩增两引物以外的DNA片段即对某个已知DNA片段两侧的未知序列进行扩增(见下图)
三、PCR技术的应用
在基因工程中获取目的基因
①扩增目的基因:从第三个循环开始出现第一个与两条引物之间的长度相同的DNA分子(含目的基因),然后将以几何级数方式被扩增与积累。
②优势:只需了解目的基因的上下游序列,以便设计引物对,使目的基因处于两条引物之间,即可通过PCR技术以少量生物DNA为模板获取大量目的基因,而没必要知道目的基因的全部序列
在基因水平上对蛋白质进行定点诱变改造
任何基因,只要目的基因两端及需要变异部位的序列已知,就可用PCR诱变去改造基因的序列。在需要诱变的位置合成两条带有变异基因碱基的互补引物,然后分别与目的基因上下游的两条引物进行PCR,这样得到的两个产物分别带有变异碱基,并且彼此重叠,在重叠部位经重组PCR就能得到诱变的PCR产物。该方法简便易行,准确高效,已成为常用的定位诱变方法之一
为防治疾病提供了新的手段
自PCR技术问世以来,建立于PCR技术基础上的突变基因检测技术发展迅速,它不仅能在短时间内检出发生突变的基因,而且即使获得的是极微量的组织也可经PCR扩增而进行各种检测,为疾病诊断提供新的手段
“情境”实践应用
1.流感病毒为一种RNA病毒。利用实时荧光RT—PCR技术,研制出了核酸诊断试剂盒,用于易感人群的流感病毒核酸检测。回答下列问题:
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(1)编码流感病毒相关蛋白的基因能在人体肺部细胞中表达,其理论基础是__________________________________________________。流感病毒的RNA易被RNA酶降解,科研人员在提取RNA时往往需加入一种蛋白酶K,推测其作用是________________________________________________________________________
________________________________________________________________________。
(2)PCR技术的原理是__________。 PCR反应每次循环分为____________________三个环节,若通过PCR技术对某DNA分子扩增,至少需要______种引物。其中引物的作用是________________________________________________________________________
________________________________________________________________________。
(3)RT—PCR是以病毒的RNA为模板逆转录合成cDNA,并对cDNA进行PCR扩增的过程。在上述RT—PCR技术中,用到的酶有逆转录酶和________________________________________________________________________
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