内容正文:
限制酶问题释疑
1、不同的限制酶产生的黏性末端一定不同吗?
不同限制酶识别的碱基序列一般不同,但切割后所产生的黏性末端可能是一样的,像这种能切割不同的DNA片段但产生相同黏性末端的一类限制酶称为同尾酶。如Bgl Ⅱ和BclI,它们的识别位点分别为AGATCT和TGATCA,但能切出相同的黏性末端,如图1所示。
2、不同的限制酶识别序列一定不同吗?
不一定。能识别相同序列的限制酶称为同裂酶,但其切割位点可能相同也可能不同。具体可分为以下几种情况:
1)同序同切酶。这些酶的DNA 识别序列和切割位置都相同,如MboⅠ与Sau 3AⅠ识别切割位
2)同序异切酶。这些酶的识别序列相同但切割位点不同,如KpnⅠ和Acc 65Ⅰ识别的序列是都GGTACC,但它们的切割位点不同,如图3所示。
3)同功多位酶。一些能识别简并序列的限制酶包含了另一种限制酶的功能。如EcoRⅠ识别和切割位点为G AATTC,ApoⅠ识别和切割位点为NN AATTNNN,后者可识别并切割前者的序列。
3、限制酶的DNA识别序列一定为回文序列吗?
DNA中的一段倒置重复序列,当该序列的双链被打开后,可形成发夹结构,这段序列被称为回文序列。其特点是在该段的碱基序列的互补链之间正读反读都相同(并非在同一条链上正读反读)。例如正读:5′GGTACC3′,反读:3′CCATGG5′。
1)回文序列:限制酶识别的序列大多数为回文序列,切割位点在DNA2 条链相对称的位置。回文对称结构的序列经限制酶切割后,产生的末端为匹配黏性末端,这样形成的2个末端是相同的,也是互补的,如图4所示。
在回文对称轴上同时切割DNA的2条链,可能产生平末端,产生平末端的DNA可任意连接,但连接效率较黏性末端低,如图5所示。
2) 非对称序列有一些限制酶的识别序列是不对称的。当识别序列为非对称序列时,切割DNA产生的黏性末端是不同的,称为非对称突出端。如BbvCⅠ,它的识别切割位点见图6 。
4、限制酶的切点一定在识别序列内部吗?
限制酶对DNA的切割位点大多数在识别序列内部,但也有在识别序列外部的,如图7所示
5、1种限制酶一定只能识别1种核苷酸序列吗?
多数的限制酶只能识别1种特定的核苷酸序列,但也有例外,如前面所讲的同功多位酶,能够识别多种核苷酸序列,如图8所示。
6、目的基因的获取一定用到限制酶吗?
老教材提到,获取目的基因通常有2种方法,序列已知可以用化学方法合成或者用PCR扩增目的基因,序列未知可以从基因文库中获取目的基因。
但在实际题目中往往是让学生选择用哪种限制酶去获取目的基因,容易使学生形成“目的基因的获得一定用到限制酶”这样的错误认知。在构建某种生物的基因文库时常用到限制酶,通常是将某种生物材料的遗传物质DNA用限制酶切成片段,插入到载体分子中,并将重组载体转入宿主细胞,然后再用某种探针选择、钓取目的基因。但是用化学合成法或PCR扩增目的基因过程中不一定用到限制酶,可见,目的基因的获得不一定需要限制酶。
7、构建重组DNA时一定用到限制酶吗?
高中生物学选择性必修三提到:获得目的基因后,要将其与载体DNA连接在一起,通常是用相同的限制酶分别切割目的基因和载体DNA,然后用DNA连接酶将目的基因和载体DNA连接在一起,形成重组DNA分子。从“通常”2个字可知构建重组DNA时不一定用到限制酶,例如,利用PCR 技术获取目的基因时,通常是用耐热性DNA聚合酶(如TaqDNA聚合酶等)扩增目的基因序列。TaqDNA聚合酶等扩增得到PCR产物的3'端附有1个“A”碱基,可以在DNA连接酶的作用下连接到PCR产物克隆专用载体(也称为通用载体),如pMD18-T载体。在pMD18-T载体等通用载体插入位点2侧的3‘端添加了一个“T”碱基,这样恰好可以与PCR产物末端的“A”碱基配对,得到含有目的基因序列的重组DNA分子。这种重组DNA分子可以很方便地转化到感受态细胞中,进行DNA测序以及后续的相关实验,如图9所示。
8、构建重组DNA时一定用同种限制酶吗?
构建重组DNA时,通常是用相同的限制酶分别切割目的基因和载体DNA,这样会在目的基因和载体的两端形成相同的黏性末端,然后用DNA连接酶将目的基因和载体连接在一起,形成重组DNA分子。但是这种情况下的两两连接产物除了重组DNA分子,还有目的基因-目的基因连接产物、载体-载体连接产物。为了防止目的基因和载体在酶切后产生的末端发生任意连接,酶切时常会选择不同的限制酶。
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