内容正文:
PCR
小专题梳理
利用PCR获取和扩增目的基因
①原理:DNA复制(DNA半保留复制)。
②条件:DNA模板、2种引物、耐高温的DNA聚合酶和4种脱氧核苷酸。
③扩增过程
过程 说明 图解
高温变性 温度超过90 ℃,双链DNA解聚为单链
低温复性 温度下降到50 ℃左右,两种引物通过碱基互补配对与两条单链DNA结合
中温延伸 温度上升到72 ℃左右,溶液中的4种脱氧核苷酸在耐高温的DNA聚合酶的作用下,根据碱基互补配对原则合成新的DNA链
模板、原料、能量、酶、1对引物
PCR
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易错提醒
(1)在PCR过程中实际加入的为dNTP(即dATP、dGTP、dTTP、dCTP),既可作为合成 的原料,又可为DNA的合成提供 。
(2)引物既可以是DNA单链,也可以为 。细胞内的DNA进行复制时,也需要 ,一般为RNA片段。
(3)真核细胞和细菌的DNA聚合酶都需要 激活。因此,PCR反应缓冲溶液中一般要添加 。
DNA子链
能量
RNA单链
引物
Mg2+
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PCR技术和DNA复制的比较
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关于引物
一、引物是什么?
引物是一小段单链的核酸,作为新子链的合成起点,只能结合在母链的3’端;可以是DNA也可以是RNA(依据目的基因两端序列,设计出的2种特异性的引物)
二、为什么要设计(加入)引物?
DNA聚合酶不能从头合成DNA,只能从引物的3′端开始延伸DNA链。
三、引物的作用?
使DNA聚合酶能够从引物的3'端开始连接脱氧核苷酸
1.引物的长度一般在15~30bp,否则会影响扩增的特异性。
太短则特异性不够强;太长则退火温度会比较高。(C-G)
2.设计两种引物时,二者之间的碱基序列不能互补配对。
两条引物之间不能有连续4个碱基的互补配对,否则加入的引物自身形成双链而得不到目的基因片段。
3.一条引物自身不能有较多自身互补序列(或反向重复序列)。
如果这种结构在PCR条件下稳定,它会非常有效地阻止引物和模板之间的退火。
4.引物设计应具有特异性(针对核酸系列保守区内设计)
有必要在DNA数据库中进行检测,以确保引物中的序列只在所扩增的基因中出现,而与其他基因不具有互补性,避免产生过多非特异性片段
5.引物中GC含量以40%~60%为宜,太少扩增效果不佳;过多则易出现非特异性条带。4种碱基最好随机分布。
6.两条引物的退火温度相差不能大于5℃。如果相差太大,操作时一般选择较低的那个退火温度,那么另一条引物的非特异性结合就会增加。
四、引物设计的原则?
尽管有很多因素可影响PCR扩增反应的效率与特异性但最关键的因素是引物的设计。
引物设计的首要目标是其特异性,只有当每条引物都能特异性地与模板DNA中的靶序列退火(复性)形成稳定的结构时才能达到这个目的。
1、为了便于将扩增的DNA片段与运载体连接,可如何操作?
在引物的5’端 加上限制酶识别序列
2、在两种引物上设计加入不同的限制酶识别序列,主要目的是?
使目的基因定向(正确)插入载体并避免目的基因自身环化
3、为保证模板链与引物结合的效率,怎么做?
两种引物之间尽量避免存在互补序列
4、引物的3‘端和5‘端哪个能改造?
引物的3‘端为结合模板DNA的关键碱基,一般不能改造,5'端无严格限制,可用于添加限制酶切割位点等序列
五、关于引物的一些利用
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一次成功的DNA片段扩增应该产生与预期大小一致的DNA片段。若出现与预期不一致的结果,可尝试从以下几个方面进行分析:模板DNA的制备、引物的质量与特异性、酶的质量以及PCR循环的条件。
(1)未出现扩增条带可能的原因有:模板DNA含有杂蛋白或Tag DNA聚合酶的抑制剂(如蛋白酶K、苯酚、EDTA);Tag DNA聚合酶失活;引物出现质量问题,浓度不合适;Mg2*浓度过低;变性温度低,变性时间短;目的序列变异;等等。
(2)出现非特异性扩增条带可能的原因有:模板DNA出现污染;Iag DNA聚合酶出现质量问题;引物特异性不强(如与非目的序列有同源性)或形成引物二聚体;Mg*浓度过高;退火温度(复性时的温度)过低;PCR循环次数过多;等等。
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关于PCR
一、PCR
二、RT-PCR
三、荧光定量PCR
四、重叠延申PCR
五、巢式PCR
...
实现定点诱变、鉴定......
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