内容正文:
密码子和反密码子三个问题
1.起始码有几种?
教材的密码子表起始码列出了两种:
起始密码子一般是AUG。GUG、CUG和UUG等有时被少数不同类型的生物中的少数蛋白质用作起始密码子,只能作为例外处理。否则起始密码子的数目那就是4种甚至更多了。对于细菌而言,充当起始密码子的例外主要是GUG,其次是CUG和UUG;对于真核生物来说,充当起始密码子的例外主要是GUG和CUG。事实是,迄今为止发现的原核生物不管是哪一个非AUG起始密码子,都编码甲硫氨酸(细菌是甲酰甲硫氨酸),而不是密码子表给出的氨基酸,原因是起始密码子由胞内统一的起始tRNA对其解码,而起始tRNA总是携带甲硫氨酸。然而,对于真核生物生物有点复杂,像最先在一种酵母细胞——白色念珠菌(Candida albicans)中由CARP2A基因编码的 P2A蛋白使用GUG作为起始密码子,该非AUG起始密码子也编码甲硫氨酸,而不是缬氨酸。而我们人类的一种抑癌基因PTEN既可以AUG作为起始密码子,又可以以CUG作为起始密码子,但若以CUG作为起始密码子,则编码亮氨酸,而不是甲硫氨酸(真核生物起始密码子例外的又一个例子,它与一种重要的抑癌基因有关)。
2.反密码子序列如何书写?
一些资料认为,书写反密码子序列要顺着密码子的方向写,甲硫氨酸的反密码子写作UAC,第一位写在右侧:
这是一个非常严重的错误。
在写碱基序列时,有国际通用的惯例——就是从左到右按照5'端到3'端的方向写,这个是所有学生物的人都要自觉遵守的,否则会乱套的。因此,AUG的反密码子序列是CAU,绝对不是UAC。如果你非要写成UAC不可,必须在两端加注3'和5',即写成3'UAC5',否则就是错的。后面酪氨酸(Tyr)(密码子是UAU和UAC)的反密码子应该写成GUA,而不是AUG,可写成Tyr-tRNA(GUA)。
3.密码子与反密码子之间的相互作用是偶变性吗?
有些资料认为,密码子与反密码子之间的相互作用是偶变性:
这份资料将密码子与反密码子之间的相互作用遵守的“摆动法则”说成是变偶性,且反密码子第一位碱基没有出现A。
事实上,这里要强调的是第一位是A和C时,是没有摆动的,因为A只能与密码子上的U配对,C只能与密码子上的G配对!
密码子在与反密码子之间互相识别的时候,前两对碱基严格遵守标准的碱基配对原则,即A与U配对,C与G配对,最后一对碱基具有一定的自由度。但并非任何碱基之间都能配对,如果反密码子第一位碱基是A或C,则只能识别一种密码子;如果第一位碱基是G或U,则能识别两种密码子;如果第一位碱基是I,则能识别三种密码子。
但上述密码子并没有被严格地遵守,因为若是严格遵守,一个细胞只需要31种tRNA就可以识别所有61种密码子了。事实上,一个细胞内的tRNA往往超过31种。以大肠杆菌K12为例,它的基因组共含有84个tRNA基因,只有三种氨基酸--His,Trp和Sec具有单一tRNA。而Arg和Val各具有7种tRNA,Leu具有8种tRNA。此外,上述摆动规则也不适用与线粒体翻译系统。因为在线粒体翻译系统中,仅有21种tRNA,如果它们要识别60多个密码子,必须遵循另一种更宽松的摆动规则。
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